קיבוץ חוקוק נוסד ב-1945, בידי הכשרות של פלמ”ח, בוגרי בית הספר החקלאי ”מקווה ישראל” ובוגרי הנוער העובד. כן נקלטו בו עולים רבים מארצות אמריקה הדרומית ומארצות דוברות צרפתית באירופה ובצפון-אפריקה. מיקום הישוב, 4 ק”מ צפון מערבית לכנרת מעל מצוקי ואדי עמוד.
האזור היה מיושב בתקופות שונות של ההיסטוריה, החל מתקופת האדם הקדמון, דרך התקופה שלפני הספירה, אחרי הספירה ועד ימינו.
חוקוק נזכרת בספר יהושע – "ושב הגבול ימה אזנות תבור ויצא משם חוקוקה..." ובספר דברי הימים א'- "ואת חוקוק ואת מגרשיה ואת רחוב..." – ערי הלווים שבמטה שבט אשר, שנמסרו למשפחת בני גרשום.
תחילת הקמתה של מצודת חוקוק על ידי סולל בונה הייתה ב-1945. המוסדות המיישבים החליטו להקים נקודת התיישבות אסטרטגית בסביבה מיושבת בכפרים ערביים וחולשת על צפון-מזרח הכנרת.
כל נקודת התיישבות באותה תקופה הייתה גם תשובה ביטחונית שתרמה למעמדו באזור וליצירת חגורת בטחון למקומות רגישים כמו כבישים ראשיים, מקורות מים, שמירת גבולות. כל זה על ידי שילוב של כוח מגן עם התיישבות ופריסה בשטח.
הנקודה אוכלסה ב- 1945 על ידי "הכשרה מגויסת" של הפלמ"ח מחפצי-בה וקבוצת משוחררי הצבא הבריטי, המשלבים אימונים ועבודה.
המצודה, בשטח של כ-1200 מ"ר (30x40), כללה מגדל מים, תצפית והגנה, חדר אוכל ובטבח, מאפיה, 7 חדרי שינה, מחסן בגדים ומתפרה, נשקייה ומחסנים שונים, בריכת אגירה ומערכת איסוף מים מהגגות. בחצר הוצבו 4 אוהלים כ"חדרי משפחות".
השטחים ההרריים מסביב שימשו לאימוני ומטווחי קורסים (טירונות ומכי"ם).
ב- 1946/7 הצטרפו הכשרות מגויסות מבית השיטה ונען.
במלחמת העצמאות, חוקוק היוותה מחסום בין כוחות הערבים בגליל המרכזי לבין הכביש שמחבר את טבריה עם הגליל העליון.
ב- 1950 המשק יצא מהחומה, אך המצודה המשיכה לשמש כמרכז קליטה, בתחילה לחברות הנוער ממרוקו ובהמשך לגרעיני נח"ל, במשך שנים רבות, עד ל-1983, מאז המצודה נטושה (אך נעולה ושמורה).
מצודת חוקוק הייתה אחת מתוך 6 מצודות שנבנו בין השנים 1943-1946.
לאחר קום המדינה, ובמשך 35 שנה, עד להקמת יישובים נוספים, קיבוץ חוקוק שמר על אדמות האזור כולו, למניעת השתלטות לא חוקית. גם כיום, 60 שנה לאחר קום המדינה, ניתן לציין שהקמתה הייתה העזה התיישבותית – באמצע מרחב עוין – אשר תרמה להכשרת כוח לוחם של הפלמ"ח וההגנה.